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本研究中，研究者对102位髓样癌患者的肿瘤/配对正常组织进行了基因全外显子组测序，并利用下游转录及蛋白组测序结果对基因突变性质进行联合解析，成功绘制出目前世界上最大的甲状腺髓样癌基因变异图谱，并为91%的髓样癌患者找到了非常明确的病因。

同源重组缺陷(HRD)阴性患者与同源重组缺陷阳性患者相比总生存期改善(p=0.0056)。制图：实习编辑：罗钰责任编辑：李斯嘉。

与单独使用阿霉素相比，阿霉素联合异环磷酰胺(IFO)作为一线治疗可显著提高无进展生存期(7.4个月vs. 4.6个月)。此外，联合治疗引起的毒性(3-4级)增加可能影响其疗效，限制其临床应用。2022年10月14日，复旦大学附属肿瘤医院罗志国教授团队在Clinical Cancer Research杂志上在线发表了 聚乙二醇化脂质体多柔比星联合异环磷酰胺治疗晚期或转移性软组织肉瘤:一项前瞻性、单臂II期研究的临床研究结果。基于此方案较好的疗效和安全性，为进一步化疗联合免疫或靶向治疗软组织肉瘤提供了选择，具有重要的临床意义。因此，PLD-IFO为晚期软组织肉瘤患者提供了一种有效且耐受性良好的治疗选择。

中位随访时间为47.2个月，研究结果中位无进展生存期和总生存期分别为7.3个月(95% CI: 5.7-8.9)和20.6个月(95% CI: 16.3-25.0)。本研究的结果表明PLD-IFO与之前报道的ADM-IFO具有相似的疗效和较低的毒性。与常见的甲状腺乳头状癌，以及相对小众的甲状腺滤泡癌、甲状腺未分化癌相比，甲状腺髓样癌起源于甲状腺C细胞，且发病多与基因突变相关。

科室在医院的大力支持下，在多学科团队构架下建立全国领先、国际知名的甲状腺癌临床科研一体化平台，实现临床实践与学科研究创新的深度接轨，攻克晚期/难治性甲状腺癌治疗的关键问题。解析起源密码，绘制迄今最完善的甲状腺髓样癌基因变异图谱复旦大学附属肿瘤医院头颈肿瘤综合治疗组首席专家嵇庆海教授介绍：既往的国际研究中，由于检测手段、样本量等方面的差异，仅有约50%-70%的患者能够找到致病突变，并且几乎全部集中于RET、RAS两个基因。复旦大学附属肿瘤医院头颈外科主任王宇教授总结到：尽管临床试验效果惊艳，但两种RET抑制剂的适应证仅限于RET基因突变的患者。研究表明，超过一半的甲状腺髓样癌存在RET基因突变。

而第二次跨越发生在2020年，两种高选择性RET抑制剂塞尔帕替尼和普拉替尼治疗RET基因突变型晚期甲状腺髓样癌的临床试验连续登顶《新英格兰医学杂志》和《柳叶刀·内分泌分册》，因其惊喜的临床试验结果被FDA加速批准用于临床。2011和2012年，两项国际研究分别证实靶向药物凡他尼布和卡博替尼可以显著延长晚期髓样癌患者的无进展生存期，成为首批被FDA批准治疗晚期髓样癌的药物。

甲状腺髓样癌治疗近年获得突破，但仍存隐忧据了解，甲状腺髓样癌是甲状腺家族中的一员，约占所有甲状腺癌的5-12%。更为重要的是，这类肿瘤中的血管生成相关蛋白VEGFR，PDGFR表达最高，这两种蛋白是已获批药物卡博替尼和安罗替尼最重要的抗癌靶点。然而，髓样癌中有30%-50%的患者并不携带RET突变，很遗憾，这部分人群无法从这两种药物中获益。本研究中，研究者对102位髓样癌患者的肿瘤/配对正常组织进行了基因全外显子组测序，并利用下游转录及蛋白组测序结果对基因突变性质进行联合解析，成功绘制出目前世界上最大的甲状腺髓样癌基因变异图谱，并为91%的髓样癌患者找到了非常明确的病因。

我们尝试从大数据样本入手，寻找更多潜在的靶向治疗基因，扩充甲状腺髓样癌治疗的武器库。而第三类肿瘤被称为间质型，绝大部分间质蛋白表达都显著增高，尤其是与肿瘤转移密切相关的TNC蛋白表达是其他组别的近3倍。而第二类肿瘤称为基底型，分化程度较高，保留了更多髓样癌起源细胞（C细胞）的神经内分泌活性，与之相应的是，这组病人的预后也最好，极少出现复发转移。多组学联合分析表明，甲状腺髓样癌在蛋白表达谱上可以分成三类异质性明显的类型

这意味着长期以来缺乏有效治疗策略的三阴性乳腺癌，有望获得新的治疗靶点。近年来，该研究团队开展了三阴性乳腺癌精准治疗的系列临床研究，凭借复旦分型精准治疗策略指导，将既往无药可医的三阴性乳腺癌疗效提升近三倍。

然而，目前在三阴性乳腺癌研究领域尚无针对肿瘤特异性转录本的研究。由于缺乏有效的治疗靶点，三阴性乳腺癌长期疗效不佳。

进一步的分析数据证实了研究团队最初的猜想：三阴性乳腺癌中的RNA剪接模式与其他乳腺癌类型有显著差别，发生RNA剪接的基因数目远多于其他突变和变异类型，且三阴性乳腺癌中普遍存在肿瘤特异性转录本，其中基底样免疫抑制型三阴性乳腺癌中存在的比例最高。细胞的正常生长依赖于遗传信息的正确传递和表达。信使收到发报员传来的密码后，还会对密码进行编辑修改，让RNA变成成熟的mRNA，即转录本。此外，大数据研究还显示，肿瘤特异性转录本的数量与患者的生存状况密切相关，例如当三阴性乳腺癌患者携带的肿瘤特异性转录本大于22个，会提示患者较差的总生存。RNA是细胞传递基因信息的重要信使，一旦细胞发生癌变，便很有可能产生异于常态的RNA，即肿瘤特异性转录本。为解决这些难题，研究团队持续从蛋白、代谢、免疫、微生物等多个角度不断深化复旦分型，以发现更多精准治疗的靶点，进一步改善三阴性乳腺癌的临床疗效。

缺乏精准治疗靶点成最凶险乳腺癌的研究困境乳腺癌是女性发病率最高的恶性肿瘤，其中三阴性乳腺癌最为凶险，约占所有乳腺癌15-20%,其复发转移的风险显著高于其他乳腺癌亚型。该项研究成果11月8日在线发表于国际权威期刊《美国科学院院报》（PNAS）。

既往研究证实，这些只有在肿瘤细胞中才能检测到的肿瘤特异性转录本，是导致细胞发生癌变的重要原因之一。该研究首次描绘了三阴性乳腺癌肿瘤特异性转录本图谱，开拓了寻找三阴性乳腺癌治疗靶点的全新视角，是对‘复旦四分型进一步的完善和补充，邵志敏教授表示，研究还首次证实了BET抑制剂可以显著抑制MARCO-TST阳性的三阴性乳腺癌，具有较高的临床转化价值，有望成为三阴性乳腺癌精准治疗的新选择。

后续，医院团队还将继续深入研究其他亚型乳腺癌中的肿瘤特异性转录本，以发现更多潜在治疗靶点。研究团队还鉴定出其中高频表达的全新肿瘤特异性转录本MARCO-TST，阐明了超级增强子能够激活该转录本在肿瘤中的表达，首次证实BET抑制剂可作为三阴性乳腺癌患者的潜在治疗选择。

与此同时，研究团队也发现部分三阴性乳腺癌亚型的疗效依然不佳。在这个过程中，DNA就像是细胞中掌握遗传信息密码本的发报员，而细胞中的RNA则像是传递密码的信使。此前，为探寻三阴性乳腺癌精准治疗的潜在靶点，肿瘤医院邵志敏教授、江一舟教授团队在国际上首次绘制出最大的三阴性乳腺癌基因图谱，提出三阴性乳腺癌的复旦分型，开启了三阴性乳腺癌精准治疗研究的全新局面。而BET抑制剂可以有效抑制这种超级增强子的活性，从而有可能超前一步，抑制MARCO-TST的表达。

能否有效抑制MARCO-TST的表达，进而降低三阴性乳腺癌的增殖和转移风险？研究表明，MARCO-TST的上游还存在一种超级增强子，可以调控MARCO-TST的转录。如果能有效识别这些肿瘤特异性转录本，将有可能将其转化为精准治疗的靶点。

随后，转录本将会指导蛋白质的合成，完成整个基因表达过程。近日，从复旦大学附属肿瘤医院传来消息，该院邵志敏教授、江一舟教授团队携手黄胜林教授团队，发现在三阴性乳腺癌的细胞中存在大量肿瘤特异性转录本，并据此成功绘制出目前世界首个三阴性乳腺癌肿瘤特异性转录本图谱。

制图：实习编辑：孙一诺责任编辑：李斯嘉。因此，邵志敏教授、江一舟教授团队联合黄胜林教授研究团队尝试从三阴性乳腺癌肿瘤特异性转录本入手，试图从中发现精准治疗的靶标。

研究团队通过细胞和动物实验证实了MARCO-TST阳性的三阴性乳腺癌对BET抑制剂的敏感性，癌细胞的增殖潜能被BET抑制剂显著抑制。RNA的编辑修改通常被称作RNA剪接。在这个过程中，RNA被剪除一部分无用信息后，会被重新拼接。随后的实验室试验结果阐明了MARCO-TST的促癌机制和转录激活机制：即MARCO-TST通过增强PLOD2酶活性，激活缺氧信号通路，最终促使三阴性乳腺癌发生进展。

而在癌症中RNA剪接发生失调，就会产生一些与正常细胞不同的mRNA，即肿瘤特异性转录本。肿瘤特异性转录本有望成三阴性乳腺癌治疗的新靶点恶性肿瘤的发生源于正常细胞发生基因变异，导致遗传信息无法正确表达，进而表现出不受控制增殖或转移，复旦大学肿瘤研究所所长、肿瘤医院大外科主任兼乳腺外科主任邵志敏教授表示，研究表明，RNA剪接失调会导致遗传信息的错误表达，是导致恶性肿瘤产生的重要原因之一。

通过对前期三阴性乳腺癌基因图谱的大数据分析，研究团队成功绘制出目前世界上首个三阴性乳腺癌肿瘤特异性转录本图谱。锁定关键肿瘤特异性转录本揭示潜在靶向治疗价值研究团队发现，在众多肿瘤特异性转录本中，MARCO-TST是表达频率最高的一种，其表达频率高达16.4%，且在基底样免疫抑制型三阴性乳腺癌中表达的频率要显著高于其他亚型。

更进一步的研究证实，MARCO-TST是可以促进三阴性乳腺癌的增殖和转移的关键分子。这一机制也启示我们通过对三阴性乳腺癌细胞RNA剪接失调进行研究，并尝试在其中发现新的、有效的治疗策略